Ильинская церковь построена в 1768 году в традиции древнерусского церковного зодчества. Колокольня пристроена в 1780-1790-е годы в стиле барокко.

Со второй половины XV века до секуляризации 1764 года село принадлежало Ипатьевскому монастырю. Уже в 1460-е годы существовала церковь в честь Иакова (по которой село и получило свое название). В 1695 году рядом с зимней была поставлена летняя церковь, привезенная настоятелем Ипатиевского монастыря архимандритом Паисием из подмонастырской Ипатьевской слободы в Яковлевское. Это был деревянный одноглавый храм во имя святого пророка Илии. 

В 1760-е годы была построена существующая церковь, в холодном четверике которой был помещен престол в честь пророка Ильи, а в теплой трапезной в честь святого апостола Иакова.

В 1944, когда скончался последний настоятель церкви Александр Островский, храм был закрыт. С 1952 года здание было передано колхозу «Новый путь». Церковная утварь и иконы были вывезены частично в Кострому, частично – в Покровский храм в Шунге.

В 1990 году храм возвращен Русской Православной Церкви. С 1992 году в храме ведутся богослужения. 17 августа 1996 года освящен теплый придел в честь святого Иакова. 

В храме хранится икона блаженной Ксении Петербургской, мироточившая с октября 1995 года до 1999 года.